Teknik olarak Polimeraz zincir reaksiyonu nedir diye detaylara girip anlatmayacağım. Zaten bu konularda kendi bilgiminde yeterli olduğunu düşünmüyorum. Sadece sırayla genel olarak nelere dikkat etmelisiniz bunları anlatacağım.
Hedef çalışmanız nedir öncelikle bunları belirlemeniz gerekmektedir. Bilinmeyen bir gen bölgesini taramak mı? Yoksa qpcr çalışmaları için gen ifade düzeyini ölçmek yada SSR çalışmaları gibi genetik ilişki mi? Bu uzayıp gider.
İlk olarak gen dizisi bilinen bitki türüne göre primer tasarlamak istiyorsanız tabiki ilk adresiniz NCBİ veri bankasının sitesi olacaktır.
Arama bölümünden nükleotidi tıklıyarak aradığınız tür ve gen bölgesini yazarak aratabilirsiniz.
Ben örneğin Vitis de mn-sod enziminin gen bölgesi ile ilgili primer hazırlamak istiyorum.
Burada partial yada complete diye kenarlarında yazılar çıkıcaktır. bu o bölgenin belli bir baz aralığı yada tüm bölümü olduğunu gösterir. Bunlardan birini seçebilirsiniz eğer uzun bir dizi aramıyorsanız.
Bu kısımda kim tarafından sisteme yüklendiği hangi çalışmadan olduğu ile ilgili kısa bilgiler vardır. Buradan direk sağdaki Analyze this sequence menüsünün altında “Pick Primers” tıklayınız.
““
ikonunu kaldırabilirsiniz. sonra en altta ki Get Primers ikonunu tıkladığınızda primerleriniz gelecektir. Eğer Real-Time Pcr & qPcr primeri hazırlamak istiyorsanız en üstteki “PCR product size” kısmını 70-200 baz olacak şekilde ayarlayınız. Zira Syber-Green boyaları 200 bazdan fazla dizileme işlemini yapmamaktadır.
Birinci ikinci tercih olarak size çok düşünmeden primerleriniz hazır. Bir ikinci yol ise NCBİ araması sonucunda girdiğiniz sayfada üst kısımda FASTA formatını tıklayınız.
Yukarıdaki dizini “>” işareti ile başlıyan yerden itibaren tüm dizini FASTA formatında kopyalayın.
Primer3 web sayfasını açın ve doğrudan hepsini ortadaki bölgeye yapıştırın ve Pick Primers tuşunu tıklayın.
Tebrikler primerleriniz hazır. Eğer Primerlerinizi manuel yöntemle kendim tasarlamak istiyorum derseniz ilgili makalemizi tıklayarak Mega ile kendiniz dizayn edebilirsiniz.