Agaroz Jel Elektroforezi için tampon hazırlamak

graiv
woman in white laboratory gown

Jel elekroforozi, negatif yüklü olan DNA parçacıklarının agaroz jel üzerinde eksi-artı kutbu boyunca hareket etmesi ve bu sayede molekül ağırlığına göre DNA parçalarının ayrılmasında kullanılan bir yöntemdir (Tabi ki jel elektroforozi sadece DNA’ nın ayrılmasında kullanılmaz protein ayrılması gibi farklı kullanım amaçları mevcuttur).  Jel tankında bu hareketi sağlayacak bir iyonik çözeltiye ihtiyaç vardır. Kullandığınız jellere göre farklı tamponlar hazırlamanız gerekebilir. Tris grubu Tris-Asetat-EDTA (TAE), Tris-Borik asit – EDTA (TBE) ve Tris-fosfat-EDTA (TPA)  gibi tampon mevcuttur.  Bu yazıda kısaca TAE ve TBA tamponları nasıl hazırlanır onları anlatıyorum.

1 litre 10X TAE tampon  için,

– Tris (Hidroksimetil) Aminometan Molekül Ağırlığı : 121,14

– Etilendiamin tetraasetik asit yada kısaca EDTA Molekül Ağırlığı : 372,24

-Asetik Asit (Glasiyal)

– ddH2O Ultra saf su

  • Önce 800 mL saf suda 48,4 gr Tris çözülür.
  • 11,4 mL asetik asit  (Sakın koklamayın yada yüzünüze yaklaştırmayın) çeker ocağın altında karışıma eklenir,
  • 3,72 gr EDTA ekleyerek iyice karıştırın.
  • Son olarak 1L olacak şekilde saf su ekleyin.

Artık stok tamponunuzu 1X’e seyrelterek kullanabilirsiniz.   

Kaynak : https://www.thoughtco.com/10x-tae-electrophoresis-buffer-608131

1 litre 10X TBE tampon  için,

  • Tris (Hidroksimetil) Aminometan Molekül Ağırlığı : 121,14
  • Sodyum Hidroksit (NAOH) (pH ayarlamak için)
  • Etilendiamin tetraasetik asit Namı değer EDTA Molekül Ağırlığı : 372,24
  • Borik asit Molekül Ağırlığı : 61,83 g
  • ddH2O Ultra saf su

Önce 0,5M 500 mL EDTA Stok hazırlamak için,

  • 93,05gr EDTA 200 mL say suda çöz,
  • Ardından pH’yı  NaOH ile 8.0 olacak şekilde  ayarla,
  • Üzerini 500 mL olacak şekilde say su ile tamamla.

10X TBE için,

  • Manyatik karıştırıcıda 108 gr Tris ve 55 gr Borik asiti 800 mL saf suda iyice karıştırıp çöz,
  • 40 mL 0,5 M EDTA (pH 8.0)
  • 1 L olacak şekilde üzerine saf su ekle ve oda sıcaklığında salkıyabilirsin.

Kullanım için 100 mL al 900 mL üzerine saf su ile seyrelt 1X olarak kullan. İyi çalışmalar.

Kaynak: https://www.thoughtco.com/10x-tbe-electrophoresis-buffer-608132